2030년대, 탐정인 아케치 코고로를 중심으로 모인 소년 탐정단이 그들의 특별한 능력으로 사건들을 해결해나가고 있었다. 어느날, 탐정단의 일원인 하나사키 켄스케는 의문의 소년인 코바야시 요시오와 만나게 된다. 코바야시는 '수수께끼의 안개'에 의해 죽지 않는 몸이 되어 버려 다른 사람과의 만남을 꺼려하고 있는 소년이다. 하나사키는 그런 그에게 관심을 보이며 소년탐정단에 들어올 것을 권유한다. 그 둘의 만남은 세기의 범죄자인 괴인 20면상과 얽히게 되고 또 아케치 코고로와도 인연을 맺게 되는데......