미래에서 온 수수께끼의 남자 패러독스. 가면 속에 숨은 그는 유세이의 에이스 몬스터 스타더스트 드래곤을 빼앗고 세계를 위협한다. 위기에 빠진 네오 도미노 시티를 구하기 위해 붉은 용의 힘으로 시공을 초월해 쥬다이를 만난 유세이는 패러독스의 음모를 알게 되고 전설의 듀얼리스트 '유우기' 의 시대로까지 그를 쫓아간다.그리고 유세이와 쥬다이는 세계를 구하기 위해, 유세이의 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 유우기와 힘을 합쳐 패러독스와의 마지막 결투를 펼치는데...