제 2 왕권자이자 황금의 왕인 코쿠죠지 다이카쿠의 사망 이후 석판의 관리는 청의 왕 무나카타 레이시와 청의 클랜인 '셉터 4'가 하게 된다. 적의 클랜 '호무라'는 스오우 미코토를 이어서 새로운 왕인 쿠시나 안나와 함께 새롭게 클랜을 재정비한다. 그리고 이런 적과 청의 클랜에게 이번에는 녹의 왕 히스이 나가레가 이끄는 녹의 클랜 '정글'이 싸움을 걸기 시작한다. 한편 학원 섬 사건이 이후 사라진 이사나 야시로를 계속 찾고 있는 야토가미 쿠로와 네코 역시 녹의 클랜의 공격을 받기 시작한다. 사라진 이사나 야시로의 행방은? 녹의 왕 히스이 나가레의 목표는? 석판을 둘러싼 새로운 왕들의 이야기가 시작된다.